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A participação da FUNDECYT em projectos I & D em várias convocatórias nacionais e internacionais é muito ampla desde a sua criação, desenvolve tanto a gestão própria de projectos como também apoia através de assessoria entidades externas, visto que, uma das linhas fundamentais do seu eixo de actuação é incentivar as entidades estremenhas a participar em convocatórias de I&D. No que respeita aos projectos co-financiados pela União Europeia, a experiência da fundação é ampla e diversa no que diz respeito à tipologia das convocatórias. Em convocatórias anteriores do Sudoe Interreg, a FUNDECYT foi chefe de fila num projecto do Interreg IIIC Sudoe em 2004 e no Interreg IIIB Sudoe em 2005, além da participação como parceiros em outros projectos. Em relação ao Leonardo da Vinci, desde 2002 foram coordenados 5 projectos. Deste modo a experiência da FUNDECYT, como coordenador, em convocatórias com uma componente europeia e transnacional é amplamente suportada pelas experiências descritas anteriormente.