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La participación de FUNDECYT en proyectos de I+D en las distintas convocatorias tanto nacionales como internacionales es muy amplia desde sus inicios, desarrollando tanto la gestión de proyectos propios como en lo que respecta a asesoramiento a entidades externas, ya que una de las líneas fundamentales de actuación dentro de la fundación es el incentivar a las entidades extremeñas a participar en convocatorias de I+D+i. En lo concerniente a proyectos cofinanciados por la Unión Europea, la experiencia de la fundación es amplia y en diversos tipos de convocatorias. En las anteriores convocatorias Interreg Sudoe se ha ejercido de jefe de fila en un Interreg IIIC Sudoe en 2004 y un Interreg IIIB Sudoe en 2005, además de otras participaciones como socios. Respecto al programa Leonardo da Vinci, se han coordinado 5 proyectos desde 2002. La experiencia de FUNDECYT en convocatorias de carácter europeo y de componente transnacional como coordinador está ampliamente avalada por estas experiencias.